Ano 784. O Imperador Kanmu mudou a capital de Nara para Nagaoka-kyo (Cidade da Paz: Quioto), seu lar materno, com intenções de tirar a corte da influência dos templos Rokudou em Nara, que tinham fortes laços com a linha Tenmu. Quando o conselheiro-chefe foi assassinado, a culpa recaiu sobre seu irmão, que mais tarde, exilado, cometeu suicídio por inanição.
Em 794, Kanmu move novamente a capital, agora para Heian-kyo, para fugir dos templos Rokudou, já que a capital em Nara estava bem no meio das “Terras do Sábio”. Os cofres estavam se esvaziando por conta das guerras contra os bárbaros no Norte e as mudanças de capital. Com poucas verbas, o imperador começou a cortar vários cargos oficiais, retirar títulos de nobreza e realizar os pagamentos com terras, fazendo as províncias crescerem e enfraquecendo o próprio poder.
Algumas terras eram Shoen, terras privadas que não pagavam impostos para a corte, e se auto legislavam, os templos eram assim e isso proporcionou o crescimento deles. Quando a capital passou para Heian-kyo, os templos ao redor de Nara tiveram mais espaço. Saicho e Kukai foram dois monges que estudaram Rokudou em Ming, um grande país a oeste de Hi no Moto, e ao retornarem fundaram suas próprias escolas de Rokudou. Saicho fundou a escola de Maito no monastério de Enryakuji no Monte Hiei, com vista para a capital Heian-kyo, pregavam que a maneira de entender os ensinamentos de Rikudou Sennin eram através dos estudos de textos sagrados.
Kukai fundou a escola Hyuuga que acredita que o caminho para a iluminação está em experimentar a verdade do universo por meio de rituais de mantras (cantos), mudras (sinais de mão) e mandalas (desenhos). A escola Maito era a mais poderosa entre as duas e tinha apoio do clã Fujiwara e da família imperial. No entanto a escola Hyuuga se popularizou entre a nobreza, já que rituais e cerimonias extravagantes eram de seu agrado.
Retomada do Imperador
Ano 1068. O imperador Go-Sanjo, não influenciado pela política do clã Fujiwara, estava decidido a recuperar e centralizar o poder no próprio imperador, já que por muitos anos os Fujiwara casaram suas mulheres com a família imperial e controlaram a casa imperial através de regentes. Sua estratégia foi em inspecionar os Shoen, pedindo os documentos dessas terras. A maioria dos Shoen pertenciam ao clã Fujiwara.
Ano 1069. Go-Sanjo confiscou todos os Shoen criados após 1045, e todos os Shoen criados a partir de então deveriam ter a documentação necessária. Isso irritou os Fujiwara que possuíam ainda muito poder na corte.
Ano 1072. O imperador se renunciou para se aposentar em um mosteiro e deixou o trono para seu filho, Shirakawa e o segundo filho seria o segundo na linha de sucessão, dessa forma ele enfraqueceria mais o poder do clã Fujiwara. Quando Shirakawa se aposentou ele teve que lidar com uma ameaça a sua linha, dessa vez vinda do clã Minamoto. Mesmo aposentado o imperador criou um Insei (Governo do Monastério) onde ele exercia seu poder mesmo sendo ex-imperador.