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| 1° Esquadrão |
Quartel General, Central de Estratégia e Logística;
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| 2° Esquadrão |
Especiais
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| 3° Esquadrão |
Taijutsu, Samurais especializados em combate corpo a corpo;
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| 4° Esquadrão |
Especializado em medicina e suporte;
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| 5° Esquadrão |
Defesa, suporte e proteção às tropas;
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| 6° Esquadrão |
Iaijutsu, arte do desembainhar a espada;
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| 7° Esquadrão |
Kyujutsu, a arte do tiro com arco, especilizado em combate à longa distância;
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| 8° Esquadrão |
Teppo jutsu, a arte de combater com armas de fogo;
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| 9° Esquadrão |
Sojutsu ou Yarijutsu, arte de combater com Lanças;
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| 10° Esquadrão |
Naginatajutsu, arte de combater com Alabardas;
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| 11° Esquadrão |
Kenjutsu, arte de combater com Espadas;
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| 12° Esquadrão |
Especializado em Pesquisa e Tecnologia;
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| 13° Esquadrão |
Único esquadrão que não compõe Samurais e não possui oficiais;
Composto por Ninjas contratados pelos Daimiô e ou Xoguns;
